玉髓属于石英的隐性晶体，透明度较高，颗粒较小，肉眼难以看到，玉质比较细腻，颜色以绿色为主，红色、黄色、蓝色等颜色的玉髓相对较少。而玛瑙是由脱水二氧化硅的胶凝体组成，透明度较低，属于同心圆构造，按形态可分为缟玛瑙、苔藓玛瑙、红缟玛瑙等多种。
玉髓和玛瑙不一样，从玉髓和玛瑙的物理构造来看，玉髓和水晶相似，属于石英的隐性晶体，透明度较高。而玛瑙是由脱水二氧化硅的胶凝体组成，透明度较低。
此外从玉髓和玛瑙的晶体构造来看，玉髓是由隐性晶体构成，颗粒较小，肉眼难以看到，玉质比较细腻。而玛瑙是蛋白石和隐晶质石英的结合体，形状是同心圆构造。
从玉髓和玛瑙的色泽来看，玉髓一般以绿色为主，此外也有红色、黄色、蓝色等比较少见的颜色。而玛瑙按形态可分为缟玛瑙、苔藓玛瑙、红缟玛瑙、火玛瑙、风景玛瑙等。
