玉髓属于隐晶质结构，具有较高的透明度，它的质地细腻，仔细观察看不到条带状纹理。而玛瑙是由脱氧二氧化硅的凝胶体构成，其透明度相对较低，质地比较粗糙，仔细观察可以看到明显的条带状纹理。
物理构造不同是玉髓和玛瑙的主要区别之一，玉髓和水晶比较相似，它属于石英的隐晶质结构，具有较高的透明度。而玛瑙其实是由脱水二氧化硅的凝胶体构成，其透明度和玉髓相比要低一点。
从玉髓和玛瑙的质地来看，玉髓是一种质地比较细腻的天然矿石，而玛瑙的颗粒结构相对较明显，是一种质地相对粗糙的天然矿石，因此分别将玉髓和玛瑙握在手中揉搓时，可以明显分辨出来。
此外玉髓和玛瑙的区别还在于纹理不同，仔细观察玉髓和玛瑙时，可以看到玉髓没有条带状纹理，它可以呈现出较强的玻璃至油脂光泽。而玛瑙可以看到明显的条带状纹理，可以呈现出玻璃光泽。
