南红不是水晶。从南红和水晶的形成方式来看，水晶是二氧化硅结晶状态下的产物，而南红是二氧化硅胶化脱水的产物。此外南红属于隐晶质，其六面晶状体较小。而水晶晶体为三方晶系，其晶体多为六棱柱状。
南红玛瑙不是水晶，虽然南红玛瑙和水晶的主要构成成分都是二氧化硅，但是两者的形成方式完全不一样。水晶花其实是二氧化硅结晶完美状态下的产物，而南红玛瑙是二氧化硅胶化脱水后的产物。
从南红玛瑙和水晶的内部晶体的结构来看。南红玛瑙属于隐晶质，并且其六面晶状体非常小，肉眼很难看清楚，需要通过显微镜才能观察清楚。而水晶的晶体为三方晶系，并且晶体大多会以六棱柱状。
但是从广义的水晶定义来看，南红玛瑙和水晶的成分都是二氧化硅，因此包括南红玛瑙在内的所有玛瑙其实都属于水晶家族，两者是同类宝石，不同的地方仅仅只两者的表现形式有所差别。
